Posso usar tinta para animais - tem spray, em lata, bastão etc., ou usar a mesma "tinta" usada em controle de monta, feita com sebo e pó xadrez.

Dá para usar uma esponja amarrada na ponta de um pedaço de madeira, como se fosse um pincel ou carimbo.

O que normalmente indicamos é: use cor específica só para isso. que não utilize para outros fins. Cada vez que o animal tiver problema, faça uma "marca". 

Quanto mais "marcado", maiores os motivos para descarte... 

Ou seja, não tem desculpa. Qualquer um pode identificar os animais "problema" no rebanho...